Do zadań Samodzielnego Stanowiska ds. Kontroli należy w szczególności:
kontrola działalności komórek i jednostek organizacyjnych pod względem kryteriów legalności, rzetelności, sprawności organizacyjnej, gospodarności i celowości,
sporządzanie protokołów pokontrolnych,
przeprowadzanie kontroli sprawdzających,
współdziałanie w czynnościach kontrolnych przeprowadzanych przez organy kontroli zewnętrznej,
prowadzenie dokumentacji kontrolnej i pokontrolnej.